南瓜子可以生吃，但是多吃不易消化，会排较多肠气。生南瓜子有一定毒性，少量吃可以打虫，吃多会中毒。南瓜子晒干，熬水喝可以有杀虫的功效驱猪肉绦虫，蛔虫都是很有效的。
南瓜子能促进人体发育，但如果吃的过多，容易造成胃肠道不适，引起血脂升高，出血等一系列不良反应。
南瓜子中含有锌，可以促进智力发育，是儿童发育不可缺少的微量元素，能避免孩子因为缺锌出现发育迟缓、异食癖等症状。但因南瓜子的脂肪含量较高，热量易超标，胃肠不好和容易胀气的人食用过多会引起消化不良、腹部闷胀等。还会增加热量和脂肪摄入，不利于血糖和血脂的控制，尤其是本身就有高血压或者糖尿病的患者，会加重病情。
建议在食用南瓜籽时最好选择未剥壳的原味南瓜子，因为外壳可以保护瓜子仁不受外界污染，减缓脂肪氧化，延长保质期。
一般情况下，孕妇能吃南瓜子仁，但建议适量吃。具体分析如下：
南瓜子仁是常见的食物，其营养价值较高，含有丰富的维生素、膳食纤维、碳水化合物、脂肪等营养成分。通常情况下，孕妇能吃南瓜子仁，可以补充身体所需的营养物质，进而促进身体健康。但是因为脂肪含量较多，一般建议适量吃，以免导致身体不适，出现便秘的情况。孕妇要养成良好的生活习惯，除了避免饮酒之外，还需避免抽烟，早睡早起，加强营养，并适当进行锻炼，有利于胎儿的发育。
一般骨折可以吃南瓜子。
南瓜子富含脂肪酸、蛋白质、胡萝卜素和维生素，具有补脾益气的作用，尤其是在骨折之后，吃南瓜子可以补充人体所需的脂肪酸、蛋白质和维生素，有助于缓解断裂处的淤血肿，加快骨折处的纤维粘合和骨痂的再生。另外，南瓜子中还含有铁、锌、镁、锰等矿物质，对骨头的愈合也有好处，因此，在骨折之后，患者可以吃南瓜子，可以帮助患者的骨骼愈合，促进骨骼的纤维组织和愈合。
吃炒熟的南瓜子能保护前列腺，预防和改善前列腺疾病，还可以促进体内胰岛素的释放，还能提高精子质量，还能增进血液循环，改善血清脂质，清除过氧化物，还有抗衰老、护视力的作用。