男性生殖器在小便的时候疼痛一般是因为内部有炎症，因为生殖器内部有尿道，所以考虑是由于尿道炎导致的。尿道炎是一种性传播性的疾病，建议可以上医院查小便分泌物和小便常规明确诊断。
泌尿系感染引起的疼痛，是尿路上皮对细菌侵入导致的炎症反应，通常伴随有菌尿和脓尿。根据感染发作时的尿路状态又可分为单纯性尿路感染，复杂性尿路感染及尿脓毒血症。
男士小便时尿道痛是由于尿道感染引起的炎症症状，多有尿频、尿急，小便后尿道口疼痛、灼热感，多数是由于吃了上火食物或者是受细菌感染引起的。出现这种情况，首先要去医院泌尿科，做尿常规检查，看有没有白细胞高，以明确诊断。
是急性膀胱炎导致的。急性的膀胱炎是女性患者常见的尿路感染性疾病，一般分为急性单纯性的膀胱炎和反复发作的膀胱炎，致病细菌大多数是大肠埃希菌。因为女性的尿道比男性的尿道要短，又接近肛门，大肠杆菌很容易侵入。
引起尿痛常见的病因有慢性前列腺炎、尿道炎、尿道结石等，对于前列腺炎可以口服药物治疗；对于尿道炎需要选择敏感药物进行治疗；对于尿道结石，可以行碎石钳碎石取石治疗。
一般情况下，男性尿道口小便时刺痛流脓通常是尿道炎导师的，尿道炎通常分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎。建议及时就医，查明病因，对症治疗。具体情况分析如下：
淋球奈瑟菌是淋菌性尿道炎的病原菌，支原体衣原体是非淋菌性尿道炎的病原菌。治疗淋菌性尿道炎可以选择头孢曲松钠或大观霉素类药物。非淋菌性尿道炎可以口服四环素类药物或喹诺酮类药物。