肛瘘和痔疮是完全两种性质的疾病。痔疮是血管性的疾病。痔疮是肛门毛细血管扩张形成痔核，在便秘时容易因摩擦出血。而肛瘘是一种感染性的疾病，主要是大肠杆菌引起的软组织的感染，痔疮的症状主要是便血，疼痛，质地偏软。肛瘘主要症状是流脓，疼痛，质地偏硬。
一般是一个月到半年左右。肛瘘非手术治疗不能治愈，手术后多久能够恢复要根据病情而定。因为肛瘘分为低位单纯肛瘘和高位复杂肛瘘两大类。如果是低位单纯肛瘘，往往创面比较小，术后恢复时间也比较短。是高位复杂肛瘘，瘘管比较粗，比较大，比较深，涉及到的肛门肌肉也比较多，术后往往恢复时间也比较长。
如果有痔疮和肛瘘，应注意积极检查。如果有手术，手术会越快越好。恢复可能需要半个多月。注意饮食调整，尽量吃一些清淡易消化的食物，多吃蔬菜水果和含粗纤维的食物，并考虑口服一些药物软化粪便，避免便秘。
两种手术，均需要麻醉下治疗，手术过程中不会感觉明显痛苦，术后伤口，定期换药消毒处理避免感染，手术方式不同，痔疮手术需要，痔疮切除治疗。肛瘘手术，可以挂线手术切除，治疗时间相对较长。
痔疮是由于各种原因导致的肛门处静脉曲张，形成痔疮。严重的痔疮会有出血，疼痛及明显的痔疮水肿。是比较痛苦的。而肛瘘由内口，外口及瘘道。分为低位和高位肛瘘，高位肛瘘较低位肛瘘更复杂。而肛瘘和痔疮哪个痛苦，手术那个简单，主要还是根据各人的具体情况而定。