小的囊肿暂时不需要治疗的，随访观察就行了，超过5厘米大的囊肿可以手术治疗，一般选择微创手术封闭治疗，效果还是很好的，不过有复发的现象的。平时规律生活，少吃辛辣刺激的食物，适量运动，定期复查。
患者体内有肾囊肿并不会产生多大危害，因此不用过度担心，只有在囊肿特别巨大以及超过十公分时，可能才会存在明显的症状。
在囊肿特别巨大以及超过十公分时，可能才会存在腰酸腰痛，如果是囊肿较小，小于四公分，在肾脏内对患者是不会产生任何危害的，也不用过度担心，只需要每年定期去泌尿外科就诊，检查一次泌尿系彩超，复查监测囊肿的大小变化即可。对于肾囊肿属于肾脏常见的良性占位性病变，不会引起患者生命健康受损，患者只有在囊肿较大压迫肾盂，引起肾盂积水，才需要进行腹腔镜下肾囊肿去顶减压术。
单纯肾囊肿进展缓慢，预后良好，不须外科治疗干预，半年或一年B超复查一次即可。对于直径大于4cm的单纯肾囊肿或是可疑恶变的囊肿，应考虑手术治疗。
如果是比较小的囊肿，直径在4cm以下的对肾脏实质并不造成压迫，平时也没有明显临床症状的可以动态观察，不用处理。如果囊肿的直径超过了5cm以上，伴随有腰部酸胀症状，需要通过穿刺或者手术治疗。如果囊肿直径在6cm以上，不论是否有症状都建议做手术治疗。
肾脏的囊肿是一种良性的病变，囊肿可以引起肾脏皮质的破坏，影响肾脏功能，需要结合囊肿的大小，肾脏功能状况确定是否治疗，可以做个肾脏彩超看一下囊肿的大小，如果囊肿不大，对肾脏功能影响非常小，可以不处理，定期复查就可以。
无自觉症状，也不需特殊治疗，况且药物保守治疗效果不明显。可以定期复查，如果囊肿增大较快或有性质改变，可以考虑手术治疗。囊肿不是实质性恶性肿瘤，也不是肾脏的器质性疾病，囊肿较小对肾功能及身体其他方面没有不良影响。