通常来说，慢性肠炎肚子疼吃枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、阿托品、山莨菪素等药。
慢性肠炎肚子疼可能是由于长期的炎症所致的肠神经受到了刺激导致的，可以口服枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等调节肠道菌群的药物，还可以配合阿托品、山莨菪素等解痉镇痛类的药物。平时也要避免食用过多的生冷和辛辣的食品，避免对肠胃造成刺激，导致病情恶化。
慢性肠炎吃以下药效果比较好：
慢性肠炎是肠黏膜的慢性炎症。建议慢性肠炎的患者在医生的指导下服用蒙脱石散、固肠止泻丸、盐酸洛哌丁胺胶囊等药物进行治疗。此外，茯苓、白术、苍术、黄芪、五味子、陈皮、桔梗、赤小豆等中药也有助于改善症状，建议患者在医生的指导下合理服用。
建议慢性肠炎的患者平时要注意腹部保暖，还要注意多休息，早睡早起，有利于身体健康。
慢性或反复发作的腹痛、腹泻、消化不良等是儿童慢性胃炎的常见表现，临床表现为粘性或水样便。在护理上，要做到劳逸结合，不要过度疲劳，平时要注意保暖；可以通过适当的运动来提高身体素质。可以吃一些容易消化、营养丰富、卡路里充足的食品。不要吃生冷油腻多纤维食品。要选择一些帮助消化的药物，或者是保护胃黏膜的药物。
腹泻一般是由于饮食不洁导致了胃肠的功能紊乱所致，也有可能是由于有肠炎的存在，经常发生腹泻，有可能是由于有慢性肠炎的可能。建议可以做一次大便的常规检查，如果是有肠炎需要选择敏感的消炎药物进行治疗，也可以找中医医师把脉后中药进行调理。
儿童慢性肠炎的症状主是反复腹痛，通常在进食后加重，疼痛部位不确切，多在脐周，有嗳气、早饱、恶心、上腹部不适、泛酸。部分可有食欲不振、乏力、消瘦及头晕，伴有胃糜烂者可出现黑便。
治疗小儿慢性肠炎看医生开药，吃药加调整饮食习惯，多吃一些蔬菜水果，避免吃一些零食以及生冷刺激的食物，平常要适当的锻炼身体，有助于改善症状。多给孩子做腹部热敷，腹部保暖。