如果没有对肾实质造成压迫，不影响肾功能，通常不需要治疗。如果囊肿较大超过5厘米，压迫肾实质造成肾功能减退，需要尽早治疗，可以选择囊内注射硬化剂，或者是去顶减压术。平时应注意清淡饮食，避免喝浓茶咖啡等，有可能促进肾囊肿增长。
较小的肾囊肿直径小于5厘米，如果没有对肾实质造成压迫，不影响肾功能的话，通常不需要治疗。如果囊肿较大超过5厘米，压迫肾实质造成肾功能减退，可以选择注射硬化剂，或者是去顶减压术。
多发性肾囊肿，如果肾囊肿比较小，肾功能没有什么影响，也没有出现什么不适症状，是不严重的。应如果现在没有什么不适症状，定期到医院复查就可以。如果肾囊肿不断增大，就需要采取肾囊肿切除手术。
双肾多发性囊肿，如果没有影响肾功能是没问题的。但是如果影响到肾功能的话，因为囊肿是多发的，又不好切除，影响到肾功能的话，比较难处理。肾结石通常可以通过药物以及手术碎石去掉石头。只要及时处理，不要因为结石梗阻出现肾衰的话，不会有生命危险的。
可以微化中药渗透治疗，进入肾脏的有效成份对囊肿上皮细胞进行灭活，使其丧失分泌活性，囊内液不再继续分泌，囊肿就会停止在这现有阶段不再长大。要通过药物增加囊肿表面血液循环的通透性，回吸收囊内液，通过人体的代谢最终从尿液中排出体外。这是在从根本上治疗囊肿，一般不会复发。