通常情况下，生理性囊肿不会影响怀孕。
生理性囊肿通常是体内激素变化造成的囊肿，一般不会产生其他不适症状，多数会逐渐消退，有部分人在排卵期或者孕期激素水平提高时候出现，并不会导致怀孕受到影响。
孕前三个月和后三个月在医生指导下口服叶酸片，防止胎儿神经管发育畸形，保持良好心情，在女性排卵期性生活，能够提高怀孕几率。
生理性的卵巢囊肿一般直径是不会超过5厘米的，一般直径小于4厘米的生理性卵巢囊肿都是可以不用去管的，只要做好定期的检查观察它的变化就行。然后平时多吃瘦肉，鸡肉，鸡蛋，鹌鹑蛋，草鱼，龟，白鱼，白菜，芦笋，芹菜，菠菜，黄瓜，冬瓜，蘑菇，豆腐，水果和等就好。
卵巢生理性囊肿不超过4cm，如果彩超检查发现存在囊肿是需要给予对症治疗的，对于囊肿比较大，疼痛明显的情况，一般是需要手术治疗的，对于小囊肿，肿瘤标志物是正常的，可以定期复查。
卵巢囊肿分为生理性卵巢囊肿和病理性卵巢囊肿，生理性卵巢囊肿是临床上比较常见的卵巢囊肿，B超检查囊肿大小常常在2厘米到4厘米之间，很少会超过5厘米。一般都发生在排卵期之后的育龄妇女，临床上没有任何症状，而且生理性囊肿，一般在下次月经干净之后会自动消失，所以临床也不用治疗。可以每年做1次妇科检查，并且做宫颈癌的筛查。
生理性的卵巢囊肿是指卵巢生理周期内卵巢发育过大或者是黄体过大而引起的囊肿。一般不需要治疗，可自行消退。如果是成熟以后，卵泡过大没有正常排出，卵泡慢慢去黄体化，形成一个黄体囊，这个黄体囊属于生理性囊肿。
巧克力囊肿平时一般会引起痛经明显，这可结合B超检查帮助诊断，而生理性囊肿只需要在月经前后观察囊肿是否有减小的趋势，如果有减小则是生理性囊肿。一旦确认是巧克力囊肿就需要进一步确诊要通过手术切除到组织送病理检查明确。以免囊肿继续增大，影响增大也会对生育不利。
