患有卵巢囊肿也可能导致月经不调，因为月经是由雌激素和孕酮的相互作用和相互调节来维持的。雌激素和黄体酮主要由卵巢分泌，所以当卵巢有囊肿，特别是相对较大的囊肿时，可能会影响激素分泌，从而导致月经不调。
卵巢囊肿是会影响月经的，并且只有两侧卵巢囊肿的时候才会引起月经紊乱，因为单侧卵巢囊肿主要是不会损伤卵巢的机体功能，故不会引起月经不调，一般早期的卵巢囊肿，是可以药物或者是物理治疗的，但是如果卵巢囊肿比较大，就需要做手术了。
月经不调右侧卵巢囊肿可以通过药物治疗、手术治疗等方法进行治疗。
如果右卵巢囊肿比较少，不需要做外科手术，可以在医生的指导下服用短期的避孕药。炎症性囊肿可以通过服用一些活血化瘀的中药来进行调理。一般在卵巢囊肿治愈后，女性经期不规律是可以自行恢复的。
当卵巢囊肿的大小超过5cm，或囊肿的增长速度快时，需要住院进行外科切除病变，主要是通过腹腔镜进行手术。
痛经是巧克力囊肿最主要的症状，大部分人都会出现，但是也有少数病人没有明显的痛经症状。这种痛经为继发性且逐年加重，子宫内膜异位症痛经的特点多从月经前甚至周期后半期开始，持续整个月经期至月经后数日消失。疼痛部位多在下腹正中，或偏于一侧，病变浸及子宫直肠。
宫颈纳氏囊肿跟月经不调没有关系，在宫颈糜烂愈合过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口，或伸入腺管，将腺管口阻塞；腺管周围的结缔组织增生或瘢痕组织形成压迫腺管，使腺管变窄甚至阻塞，腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿。
宫颈囊肿一般是不会引起月经不调的。月经不调只是个症状，引起月经不调的原因很多，比如内分泌失调、子宫疾病、妇科炎症、情绪波动过大、药物影响、环境改变、过度劳累及精神压力过大等。