肛门内窥镜主要用于检查肛门直肠疾病，但大多数人对肛门内窥镜检查前的准备工作并不十分清楚。事实上，在肛门内窥镜检查之前，必须先清洁灌肠。拉出大便后，可以进行检查。如果大便仍留在体内，则无法观察。如果有肛裂、直肠狭窄一般是不建议做肛门镜检查的。
做肛门镜前一天，应当注意进食低渣流质或者半流质饮食，比如面包、面条、米粥、鱼肉、牛奶、豆制品、香蕉、冬瓜等。停止服用铁剂，避免进食高纤维素食物，比如粗粮、蔬菜等。如果肠镜是在清晨进行检查，在肠镜检查前一天，夜间应当口服泻药，清理肠道。
做肛门镜前一天，应当注意进食低渣流质或者半流质饮食，比如面包、面条、米粥、鱼肉、牛奶、豆制品、香蕉、冬瓜等。停止服用铁剂，避免进食高纤维素食物，比如粗粮、蔬菜等。如果肠镜是在清晨进行检查，在肠镜检查前一天，夜间应当口服泻药，清理肠道。
肛门镜检查原则上可以当天进行，适合者需要清洁肠道，即排空大便。此项检查应先进行视诊和指诊，排除肛裂、直肠狭窄和脓肿等不宜检查的患者，再将长约四五公分的检查镜插入患者肛门，以观察直肠下段的黏膜以及内痔黏膜情况，从而得出检查结果。直肠内没有或者只有少量大便的患者是可以随时进行检查的，若直肠内粪便较多，会影响检查的效果和诊断，此时可选择口服泻药或局部用开塞露促进排便，清洁肠道内部。
肛门镜是专门查看肛门部位病变情况，长度约10厘米左右，最多可达到直肠，适宜该检查的疾病有痔疮、直肠息肉、肛门脓肿等。肠镜长度约100厘米，经肛门进入肠道检查或取病理组织活检，查看的部位较肛门镜多。