理论上有自限性可以自己消退，也有消退慢的，扁平疣的治疗根据皮疹发生的部位、大小、数目可以采用局部涂抹外用药物和配合口服调节免疫力的药物等。治疗期间注意卫生，保护皮肤，患处不要碰水。
扁平疣是由病毒感染引起的疾病，容易发生在面部，由于扁平疣具有一定的传染性，尽量不要抓伤和刺激，可以先外用软膏局部试试，如果没有好转可以去医院进行检查，根据医生指导用药。
扁平疣是由于病毒感染引起的，一般需要按疗程使用抗病毒药物治疗，或者采取激光治疗，激光冷冻需要3-5次，中药治疗效果也很好。扁平疣是可以治疗的，中医的疗法也是可行的，中医的内服汤药加上西医的外用药膏来治疗才能达到理想的效果，单独用中医是无法恢复的，中药还需要本人让大夫把脉后开药才能对症治病，不要自己乱用药。
治疗扁平疣的物理治疗包括冷冻、电灼、刮除和激光等，适用于皮损数目较少者。内用药物治疗，目前尚无确切有效的抗人类乳头瘤病毒治疗药物，可试用免疫调节剂；中药以清热解毒，散风平肝，散结为治则，有时可获得较好的疗效。
治疗方法有以下两种，药物治疗：西医治疗扁平疣一般多会以药物为主，药物治疗扁平疣多从抗病毒、增强免疫功能方面下手。激光治疗：是目前治疗扁平疣比较常见的一种方法，激光治疗扁平疣在临床有较大优势，激光治疗的方法可以作用到疣体基底，被黑素颗粒吸收，使之凝固破裂和气化。