皮下囊肿的治疗主要以手术为主。皮下囊肿多属于良性病变，局部生长较为缓慢，主要表现为局部圆形或半圆形突出体表的包块，多是由于皮脂腺堵塞引起的皮脂腺囊肿，药物治疗基本上没有效果，主要通过局部手术治疗。
腋窝皮下囊肿吃药能消。服用抗生素药物如红霉素、米诺环素等。在中医方面，可用中药藏红花、乳香、没药、穿山甲等做成的贴剂，贴在患处，并吃一些清热解毒、活血化瘀、消肿溃坚的中草药。
药物治疗耳朵皮下囊肿。如果是皮下囊肿的话，不会疼痛的。如果是皮脂囊肿伴感染的话，会出现疼痛的。如果疼痛的话，先进行消炎治疗等炎症控制后，再考虑进行耳朵的皮脂囊肿切除手术治疗。
对于皮下囊肿，需要进行外科治疗，如果是皮下囊肿比较小，可以先进行保守治疗，不需要进行治疗。
皮下囊肿一般有皮脂腺囊肿和皮样囊肿两种类型，一旦发生感染，需要手术治疗。另外，由于炎症引起的肿物与周围的界限不清楚，应积极进行抗感染治疗，待感染得到控制后，再进行外科切除。有些皮下囊肿与局部皮肤有很大的联系，要将其连同局部皮肤一起切除，以免再次复发，因此治疗皮下囊肿的方式主要是手术。保守治疗只能暂时观察，一旦病情发展到一定程度，就要进行外科手术，以免肿物生长太大，导致局部皮肤缺损较大，需要进行植皮。
皮下囊肿可以不手术的保守治疗也可以。皮下囊肿分为腱鞘囊肿、皮脂腺囊肿、表皮样囊肿等，治疗方法不一样。腱鞘囊肿发生在四肢的腱鞘上，质地比较硬，开始包块比较小，约绿豆黄豆样大小，后来可以慢慢的增大。
具体治疗方案，需要到正规的肛肠科检查，诊断是否有肛周脓肿等症状出现，根据自己的实际病情来制定治疗方案，要积极配合医生治疗。日常饮食要禁食辛辣刺激食物多吃蔬菜水果。
