妊娠合并生殖器疱疹的治疗方法一般有局部用药、全身用药等，具体内容如下：
1.通过局部用药可以保护疱疹的粘膜，使用生理盐水清洗阴道，使其干净、乾净。用甲紫溶液或阿昔洛韦乳膏或乳霜涂抹于病变部位，或使用酞丁安软膏。如果有明显的痛楚，可以在局部应用盐酸利多卡因软膏或口服镇痛药物，也可以将奥平的栓剂放入阴道。
2.全身用药一般建议口服阿昔韦，反复发作者应长期口服。怀孕期间要按照医生的指示服用。阿昔洛韦治出现任何其它不良反应，通常只是暂时降低嗜血因子引起的。
生殖器疱疹是性病，但是性交传播不是唯一途径，皮肤粘膜之间密切接触也可能相互传染。如果与皮肤发生溃烂的生殖器疱疹病人接触，都可能会被传染上生殖器疱疹。生殖器疱疹的传播方式是多样的，因此对于生殖器疱疹男性朋友一定要多多注意，做好预防生殖器疱疹的措施，避免性滥交，注意生活卫生，避免与生殖器疱疹病人有过密的接触。
治疗生殖器疱疹中医中药的话，是抗病毒处理治疗。早发现早点去处理，另外一个就是如果有脓性分泌物的话，这个还是去医院检查一下其他性病方面的种类的。因为主要这个疾病是因为感染生殖器疱疹病毒，然后引起来的，可以口服或者是外用一些抗病毒的药物处理这两者。
生殖器疱疹是一种由于单纯疱疹病毒导致引起的一种性传播疾病，这个疾病容易反复发作。对于生殖器疱疹来说，一般要采用抗病毒的治疗比如阿昔洛韦，但是初发跟复发的治疗疗程剂量也是不一样的。对于生殖器疱疹，一定要保持心态良好，对治疗要积极配合，保持日常卫生从而防止传播，早日康复。
一般的治疗方法，对于没有症状或者是亚临床的感染，无需药物治疗。有症状者治疗包括全身治疗和局部处理两个方面。全身治疗主要包括抗病毒治疗和治疗合并感染，选择局部的处理方法和全身治疗的方案。此外，由于生殖器疱疹尚无彻底的办法，这常给病人带来很大的心理压力。因此，针对实际情况，同时给予医学的咨询和心理咨询，以减轻精神负担。
原发性生殖器疱疹的治疗主要采用抗病毒治疗，治疗的目的是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程及防止继发感染等，目前的治疗方法尚不能达到彻底清除病毒、消除复发的效果。可以使用一些药物。