功能性消化不良的治疗方法有一般治疗和药物治疗。
1.一般治疗：功能性消化不良，需要养成良好的生活习惯，尽量戒烟戒酒，合理膳食，规律作息。
2.药物治疗：功能性消化不良，需要在医生的指导下使用奥美拉唑、莫沙必利、氢氧化铝凝胶、泮托拉唑等药物进行治疗。
日常生活中，应当注意充分休息，保证充足的睡眠时间，饮食方面应当忌食生冷油腻食物。
儿童功能性消化不良可以通过口服药物治疗，还可以在饮食上调理。
儿童功能性消化不良通常和不良的生活饮食习惯有关，患者可以在医生指导下服用小儿健脾开胃合剂等药物治疗或者健脾散等药物治疗，
在日常饮食上可以多给孩子吃一些易消化的食物，比如小米粥、山药等，不可以吃生冷油腻性的食物，比如冰激凌、炸鸡等，以免加重病情。
一般情况下，功能性消化不良指的是出现上腹痛、腹胀、嗳气、食欲不振、早饱、恶心、呕吐等症状。如果患有功能性消化不良，患者可以口服复方消化酶、乳酶生、复方阿嗪米特、保和丸、枳术丸等辅助消化的药物进行治疗，有较好的治疗效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。患者平时还应注意饮食习惯，避免吃过于辛辣生冷的食物，因保持清淡饮食。
一般情况下，在消化科，功能性消化障碍是一种很普遍的病症，约有50%左右的患者会出现在医院。患者会出现各种症状，有人会出现腹部肿胀，也有人会出现打嗝、嗳气等症状，也有人会出现上腹部疼痛等症状。有些病人，会感觉到肚子里的不适，却又说不上来。功能性的消化障碍一般都是以上腹部胀满、饱胀感、早饱感为主，也就是说，只要稍微进食一下，肚子就会被撑的感觉。还有嗳气，也会有恶心、呕吐等症状，这些都是因为各种原因引起的，建议患者及时去医院就诊，查明病因后对症治疗。
功能性消化不良是指不能以器质性疾病解释而见有持续性或反复发作性上腹部疼痛和食后饱胀、腹部胀气、嗳气、早饱、恶心等上腹部不适症状的一组临床症候群。一般会有溃疡型的功能性消化不良与胃肠型的功能性消化不良，前者比较常见，这种患者常常会出现上腹部的疼痛现象，当然，有的患者也会出现持续性的部位疼痛感觉，而且溃疡性消化不良常常会让患者在饥饿的时候疼痛现象明显加剧，后者常常不会出现明显的疼痛感觉，主要是让患者在吃完饭以后有饱胀感。
常见的判断症状有：1、早饱，指进食后不久就有饱腹感，导致摄入食物明显减少。2、上腹胀，多发生于餐后，或呈持续性进餐后加重。3、一些患者同时伴有失眠、焦虑、抑郁、头痛、注意力不集中等精神症状。在病程中症状也可发生变化，起病多缓慢，经年累月，持续性或反复发作，不少患者有饮食，精神等诱发因素。可以在医生指导下服用药物进行调理。比如四磨汤口服液，此药有顺气降逆，消积止痛的功效，有利于改善功能性消化不良。
功能性消化不良可以服用一些相关药物和结合调整自身的作息饮食来治疗。
功能性消化不良，顾名思义，主要是指具有消化不良的临床表现，但是通过临床的检验、检测手段，没有办法明确有器质性因素这一类的患者，诊断为功能性消化不良。
通常功能性消化不良主要分为两大类，具体怎么用药，可以根据患者的临床表现来选择不同的药物。若是患者在餐后表现为餐上腹不适感或者早饱的症状，可以选择一些促进肠胃动力的药，比如四磨汤口服液。这个药物属于是中成药，有促进消化和止痛的作用，对于消化不良引起的腹胀腹痛有调理作用，情况严重的时候可以和抑制胃酸分泌的药物一起服用。
除了服用药物治疗以外，患者也可以适当吃一些益生菌，不仅可以改善胃肠道生态平衡，还可以改善菌群失调引起的肠功能紊乱。
建议患者平时养成良好的饮食习惯，避免烟酒，多食清淡、低盐、低脂等食物，避免暴饮暴食。适当的运动和充足的睡眠，避免过度劳累。