早期痔疮不严重可以服用药物或者局部使用专业药物治疗。严重时需要手术治疗。肛瘘可以西医手术治疗：肛瘘不能自己好，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐恢复。
痔疮和肛瘘是肛肠科常见的两大疾病。轻度的痔疮，可以保守治疗，避免进食辛辣刺激的食物，加强肛门周围局部的清洗，注意卫生以及肛门周围应用痔疮膏等方法，如果是严重的痔疮，痔核突出肛门外不能还纳，伴有局部的疼痛，或者是出血的时候，需要手术治疗，手术需要完整的切除痔核，定期的换药，肛瘘是直肠周围有瘘口，沿着瘘口在直肠内往往可以找到内口。如果是胃内口比较浅，在齿状线以下，则行肛瘘的完整切除。
少吃辛辣食物、少饮酒，避免长期肠道刺激致长期腹泻;避免久站、久坐，坐位超过1小时后可适当活动一下，或做几次提肛运动;避免长时间如厕，排便时不看报纸杂志、手机等，尽量将排便时间控制在5分钟之内。
肛瘘反复发作的原因有，皮肤长的快，里面的窦道长得慢，形成了假性的愈合，有时候肛瘘不止一个漏口，情况复杂。痔疮和平时生活和饮食习惯不好有关系，口味太重，喜欢吃辣，都是原因。
肛瘘痔疮应该在局部浸润麻醉下选择肛瘘切除手术，将内口以及瘘管清除干净。同时选择肛瘘挂线疗法，可以治疗高位复杂性肛瘘，最大程度的保留肛门括约肌，以免后期手术创面过大，导致出现感觉性失禁。