一般情况下，慢性直肠炎可以用使用药物治疗或者手术治疗。具体分析如下：
通常来讲，慢性直肠炎的治疗上，可以选择直肠给药，可以局部使用美沙拉嗪联合糖皮质激素保留灌肠法。在药物选择上，可以使用复方谷氨酰胺肠溶胶囊、匹维溴铵等药物来治疗，防止细菌或病毒对肠黏膜造成的损坏，还可以缓解肠痉挛。此外，治疗期间，患者需要清淡饮食为主，避免高纤维、辛辣的食物的摄入，不要焦虑、紧张，避免植物神经功能紊乱。需注意的是，所有药物要在医生指导下服用。
慢性直肠炎会出现粘液便，这些粘液多为肠道粘液。
需先治慢性直肠炎。只有先治慢性直肠炎才能使粘液便好转。其疗法一是可在短期内应用抗生素以调整肠道功能，二是在膳食中要求营养高，脂肪少，容易消化，可适当吃一些健脾养胃之品，例如：山药。也可采用高压氧，如直肠粘膜水肿时，可采用生理盐水灌肠，每天需适量休息，应忌食辛辣刺激食品，宜清淡饮食，适当吃少渣食品。
肠套叠就是将一段肠管套在与身体相通的肠腔中，造成肠内容物透过受阻。
临床上主要分为继发性和原发性两种类型。原发性肠套叠好发于婴幼儿，大多是由于肠蠕动的正常韵律出现障碍而引起。继发性肠套叠则与某些疾病有关，如急性胰腺炎、慢性胆囊炎等均可引起肠套叠。儿童上呼吸道或胃肠道感染等，并发肠系膜淋巴结肿大，可影响肠管正常蠕动，引起肠套叠。
一般情况下，引起慢性直肠炎的病因有很多，应在辩证的基础上，明确病因，根据病因，对症治疗。
口服药物有时候是中成药，有时候是中草药熬制成汤剂，中成药用的比较多的是肠炎宁，归脾丸，补充益气丸等。中草药一般是具有清热解毒，消肿散结，消炎止疼的功效，临床上比如黄连，黄芪，党参，蒲公英，五倍子等。也可以用以上中药煎汤灌肠治疗。取足三里、上巨虚、天枢穴、合谷穴等穴位。
对于慢性直肠炎来说，需要进行长期的调理和治疗，首先平时要注意饮食，不要吃辛辣刺激性食物，多吃一些水果和青菜，养成每天排便的习惯，避免便秘，有助于症状改善，还可以进行温水坐浴处理。