功能性消化不良尚无特效药，更多的是选择对症下药，如抑制胃酸分泌药：适用腹痛伴有反酸为主要症状者。促胃肠动力药：适用于腹胀、早饱、嗳气为主要症状者。或选用调理性的中成药如四磨汤口服液，此药可以顺气降逆、消积止痛，有利于缓解多种肠胃不适症状。
用药时，患者首先应正确认识该疾病，明白其发病原因。养成良好的生活习惯，注意饮食卫生。避免暴饮暴食，饮食以清淡为主，多食易消化的食物，少吃油腻、辛辣刺激性食物。避免过量饮酒、吸烟，对便秘者可多吃香蕉等水果和蔬菜，经常按摩腹部，保持大便通畅。养成饭后活动的习惯，睡前不要进食。
功能性消化不良可采取中成药治疗，一般可以吃大山楂丸、大山楂丸、木香顺气丸等药物。
常用中成药如木香顺气丸、木香顺气丸等理气宽中、消食导滞，对功能性消化不良有良好疗效；此外还可促进胃肠蠕动、改善消化不良症状；枳实导滞丸、枳实导滞丸能理气消积、消食除胀；或还可选用大山楂丸、大山楂丸等消食化积、改善消化不良等。
一般情况下，功能性消化不良指的是出现上腹痛、腹胀、嗳气、食欲不振、早饱、恶心、呕吐等症状。如果患有功能性消化不良，患者可以口服复方消化酶、乳酶生、复方阿嗪米特、保和丸、枳术丸等辅助消化的药物进行治疗，有较好的治疗效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。患者平时还应注意饮食习惯，避免吃过于辛辣生冷的食物，因保持清淡饮食。
一般情况下，在消化科，功能性消化障碍是一种很普遍的病症，约有50%左右的患者会出现在医院。患者会出现各种症状，有人会出现腹部肿胀，也有人会出现打嗝、嗳气等症状，也有人会出现上腹部疼痛等症状。有些病人，会感觉到肚子里的不适，却又说不上来。功能性的消化障碍一般都是以上腹部胀满、饱胀感、早饱感为主，也就是说，只要稍微进食一下，肚子就会被撑的感觉。还有嗳气，也会有恶心、呕吐等症状，这些都是因为各种原因引起的，建议患者及时去医院就诊，查明病因后对症治疗。
功能性消化不良是指不能以器质性疾病解释而见有持续性或反复发作性上腹部疼痛和食后饱胀、腹部胀气、嗳气、早饱、恶心等上腹部不适症状的一组临床症候群。一般会有溃疡型的功能性消化不良与胃肠型的功能性消化不良，前者比较常见，这种患者常常会出现上腹部的疼痛现象，当然，有的患者也会出现持续性的部位疼痛感觉，而且溃疡性消化不良常常会让患者在饥饿的时候疼痛现象明显加剧，后者常常不会出现明显的疼痛感觉，主要是让患者在吃完饭以后有饱胀感。
常见的判断症状有：1、早饱，指进食后不久就有饱腹感，导致摄入食物明显减少。2、上腹胀，多发生于餐后，或呈持续性进餐后加重。3、一些患者同时伴有失眠、焦虑、抑郁、头痛、注意力不集中等精神症状。在病程中症状也可发生变化，起病多缓慢，经年累月，持续性或反复发作，不少患者有饮食，精神等诱发因素。可以在医生指导下服用药物进行调理。比如四磨汤口服液，此药有顺气降逆，消积止痛的功效，有利于改善功能性消化不良。
儿童功能性消化不良可以在医生的指导下服用药物，也可以进行针灸治疗。
儿童功能性消化不良会使身体出现腹部疼痛、餐后饱胀感，并伴有恶心、呕吐等症状，可以在医生的指导下服用促进消化的药物，例如健胃消食口服液、胃蛋白酶合剂，如果症状不见好转，还可以用针灸辅助治疗。
饮食上不要吃高糖、高脂肪的食物，例如炸鸡，可能会加重肠胃的负担。
