一般情况下，桥本甲状腺炎甲减主要通过服用左甲状腺素治疗。
桥本甲状腺炎是一种自身免疫性疾病，目前并没有研发出针对病因治疗的药物，主要是支持和对症治疗，保持甲状腺的功能，控制并发症，限制碘盐摄入可能有助于减缓甲状腺组织的破坏。
当出现甲状腺功能减退时，可以给予左甲状腺素治疗，可以改善甲状腺激素的缺乏。
甲减的治疗方法较简单，即补充人工合成的甲状腺激素制剂，符合内分泌治疗原则，即针对性补充。临床多数甲状腺功能减退患者体内甲状腺激素分泌不足，需长期补充甲状腺激素作替代治疗。治疗初期，临床多会先给予患者较小剂量的甲状腺激素，但并不一定是合适剂量，需每4-6周检测甲状腺功能，进而调整甲状腺激素剂量，使血中的甲状腺激素维持在正常的范围内，避免对机体健康造成影响。
甲减的治疗分为轻型病例和严重病例的治疗，早期发现的症状比较轻的情况，主要补充甲状腺素，定期复查甲状腺功能，调整药物剂量，严重病例的甲减，还需要对症治疗，如吸氧、抗感染、改善甲状腺功能减退性心脏病的症状。
甲减的病人应注意对症口服碘剂进行调理治疗。可以对症口服甲状腺片进行调理治疗疾病。患有碘缺乏的患者临床上多见于地方病所引起的症状。可能会引起大粗脖等临床表现。在日常饮食上应该注意多吃一些含碘较高的食物，应吃一些加碘的食盐，吃一些海带、海菜、紫菜、鱼、虾、蟹等海产品。
妊娠甲减可以通过药物治疗、生活护理等方式进行改善。
亚临床甲减和临床期甲减是妊娠甲减的两种类型。治疗的重点是尽早发现并给予药物治疗，避免对胎儿的发育有不良的影响。3个月以内的促甲状腺激素要控制在2.5以下，3个月之后，促甲状腺激素要控制在3以下。服药期间要定期对甲状腺功能进行检查，调节药物的用量，以达到预期的效果，并对胎儿的发育情况进行动态监测。
