甲状腺囊肿大多不会自行治愈。
甲状腺囊肿的形成原因有多种，但最主要的原因与碘代谢有一定的关系。由于长期缺碘、甲状腺滤泡潴留，这种情况补碘可能消失。另一种是结节性甲状腺肿的囊性病变。形成的原因是甲状腺局部血供不足，囊肿逐渐形成囊壁，该囊肿完全消失的可能性降低，可行射频消融术或手术切除治疗。甲状腺囊肿大部分都是良性的，出现了甲状腺囊肿，应该要进行甲状腺功能的检查。
甲状腺囊肿微创消融术效果一般较好。
甲状腺囊肿微创消融可避免传统的手术创伤，穿刺针局部高温具有坏死病灶凝固性、彻底清除病灶的效果。手术小时短，疗效显著。甲状腺囊肿微创消融术的主要局限性是甲状腺恶性肿瘤患者只能采用微创消融术切除肿瘤病灶，不能清洁周围淋巴结。但是可能会发生并发症，如喉管神经损伤等，手术治疗结束后，出现声音嘶哑、喉上神经损伤，喝水可能出现呛咳。
甲状腺囊肿疑似良性时肿瘤较小，定期复查，每3-6个月复查彩色多普勒，复查甲状腺功能。瘤长2cm以上时，患者情绪高涨，手术欲望强烈时，可能为手术。手术的方法有常规切除，有的现在称为微创美容手术。是彩色超声引导下的微波消融治疗。因为这个没有手术的伤口，术后美容效果理想，也可以提供建议。如果怀疑有恶性可能性，建议进行术中冰冻检查。
甲状腺囊肿的治疗方法如下：
1、小甲状腺囊肿无需治疗。
2、较大甲状腺囊肿或短期快速增大的甲状腺囊肿，如出现相应压迫症状，需介入手术。
3、甲状腺囊肿多为良性，切除手术后无需其他治疗。患者如有甲状腺功能减退，术后还应配合甲状腺激素的治疗。
4、囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，可以不做治疗或用中药调理，一般也没有什么特效药，有必要时可以考虑手术切除。
甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。
