南瓜子能促进人体发育，但如果吃的过多，容易造成胃肠道不适，引起血脂升高，出血等一系列不良反应。
南瓜子中含有锌，可以促进智力发育，是儿童发育不可缺少的微量元素，能避免孩子因为缺锌出现发育迟缓、异食癖等症状。但因南瓜子的脂肪含量较高，热量易超标，胃肠不好和容易胀气的人食用过多会引起消化不良、腹部闷胀等。还会增加热量和脂肪摄入，不利于血糖和血脂的控制，尤其是本身就有高血压或者糖尿病的患者，会加重病情。
建议在食用南瓜籽时最好选择未剥壳的原味南瓜子，因为外壳可以保护瓜子仁不受外界污染，减缓脂肪氧化，延长保质期。
吃炒熟的南瓜子能保护前列腺，预防和改善前列腺疾病，还可以促进体内胰岛素的释放，还能提高精子质量，还能增进血液循环，改善血清脂质，清除过氧化物，还有抗衰老、护视力的作用。
南瓜子中富含丰富的锌元素，会有效预防和改善男性的前列腺疾病，而且对于高脂血症、高胆固醇症和血栓的形成具有一定的预防作用。南瓜子还具有一定的杀菌作用，可以有效地消灭人体内的寄生虫。吃南瓜子是不会导致上火现象的。南瓜子可以清热利湿、杀虫止痒，对于上火现象有一定的改善作用。
2型糖尿病患者可按血糖控制，适当吃一点南瓜子。
南瓜子是一种富含多种维生素和微量元素的食品，其中有丰富的不饱和脂肪酸，对改善人体微循环很有益。血糖低于10mmol/L时，可适当在两餐间吃一点南瓜子，一般量约10个~20个。每天至少要吃一次坚果和水果，这样有助于降低餐后高血糖的发生率。如血糖通常没有得到很好的控制，餐后血糖11.1mmol/L以上，推荐坚果类如核桃、花生等，瓜子等尽可能少食。另外，每天要有充足的饮水。确保碳水化合物摄入量，膳食碳水化合物供给量要占总热量50%~60%。
对于老年人来说，要特别注意增加蛋白质和维生素等营养素的摄取量。成人患者每日主食摄入量为250-400克，吃了一定数量的南瓜子，要降低成年人主食总热量。
南瓜子可以生吃，但是多吃不易消化，会排较多肠气。生南瓜子有一定毒性，少量吃可以打虫，吃多会中毒。南瓜子晒干，熬水喝可以有杀虫的功效驱猪肉绦虫，蛔虫都是很有效的。
经常吃南瓜子可以预防前泪腺疾病，但是也可能导致上火。
南瓜子是一种味道非常鲜美的食物，被人们所喜爱，而且还有营养价值也比较高。经常吃南瓜子，可以有效的杀灭体内的寄生虫。而且因为南瓜子中含有一定的激素成分，可以预防前列腺疾病的发生，南瓜子含有丰富的脂肪酸，可以补充人体所需要的微量元素。但是吃的时间太长，有可能会导致火热淤积，引起胃部不适。出现恶心、呕吐，甚至出现头晕、头痛的现象。
吃南瓜子要适量，不要天天吃，一次也不要吃太多，适量就好。