对于卵巢囊肿的治疗，一般是建议在月经干净后三到七天做较好，这样是不会影响到以后正常的月经的，也不会因此造成月经异常，对于身体的恢复是较好的，这一点是不能忽视的，手术时间不当，对于身体恢复是不利的，这一点一定要慎重，术前检查工作也是需要做好的。
通常情况下，做卵巢囊肿检查的最佳时间是月经干净3-7天。具体情况分析如下：
卵巢囊肿是卵巢内或其表面形成的囊状结构，患者可能会出现坠胀、下腹部不适、月经异常等症状，月经干净3-7天的患者此时去做卵巢囊肿检查，由于阴道分泌物少，盆腔也不会处于充血状态，会更清晰的了解到卵巢囊肿的大小，初步判断卵巢囊肿的性质。患者可以按照医嘱使用消结安胶囊、红金消结浓缩丸、桂枝茯苓胶囊等药进行治疗。
卵巢囊肿的治疗以手术疗法为主，治疗方式取决于年龄、病变的性质，还有卵巢囊肿的部位、体积大小、生长速度，还有是否需要保留生育功能，这些因素决定的。针对良性的卵巢囊肿，手术治疗。就是卵巢囊肿切除术，年轻的，尤其是绝经前的人，都采用这种方法，尽可能的保留正常的卵巢组织。另外，输卵管卵巢的切除术。年龄较大，45岁以上的或者绝经后的都采用这种方法。
胎儿卵巢囊肿属于一种病症，其病因至今尚未确定，至今还在进行中。有人主张该种疾病是由母体和胎儿两方面产生的促性腺激素作用所致，其治疗原则是以观测为基础。
如果不是特别的原因，可以选择做引产。一般都是正常的，不会对孩子今后的学习和生活造成一定的负面影响。确诊之后，需要考虑胎儿的状况，以及有没有严重的内脏异常等因素，然后再考虑是不是要怀孕。
卵巢囊肿的治疗时间要根据囊肿的性质，临床症状有没有疼痛之类的，以及囊肿持续的时间决定。如果是育龄期的女性，初次超声发现卵巢囊肿，超声提示的是单纯囊肿，并且肿瘤标志物等都是阴性，可以观察2-3个月以后复查超声，如果肿物持续存在，需要手术治疗。
