对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿如果初期还没有化脓，单纯的局部发炎可以及时用一段时间消炎药，控制病情，如果肛周脓肿已经化脓，就得采取手术切开引流，恢复期间保持局部清洁卫生。平时要注意局部清洁卫生，要保持大便顺畅，多吃富含膳食纤维素的水果和蔬菜。养成按时排便的习惯，不能吃辛辣，油腻，生冷等刺激性食物。
脓肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。脓肿一旦形成，即行切开引流。脓肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。治疗时需要去正规大医院。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
治疗肛周脓肿最重要的是找到内口进行治疗，只是单纯排脓是不行的，处理不当容易形成肛瘘。对于肛周脓肿，早期可以采取温水坐浴，使用抗生素控制感染，如果已经有脓液形成，就应该尽早到正规医院切开引流处理。要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，注意休息，避免烟酒刺激，不要挤压肿块。
在药疗方面的选药就可以选一些消炎的西药，平时保持肛门清洁，热水浴的时候就可以用温水坐浴，大便后可以用温水或稀的硼酸水冲洗外阴和肛门。保持肛门清洁。也可以采用挂线疗法，或者中医疗法。