对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
脓肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。脓肿一旦形成，即行切开引流。脓肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。治疗时需要去正规大医院。
肛周脓肿想要治好需要找到内口，治疗内口，后期饮食注意就不会在复发，一般只切开排脓是达不到效果，去正规的肛肠医院检查治疗。不要过食辛辣，过度饮酒，注意个人卫生。还要忌食生冷之物及油腻之品，以防发生腹泻或粪渣堵塞肛窦。
肛周脓肿一旦形成须手术治疗才能彻底治疗。肛周脓肿是指肛周直肠周围组织或周围间隙出现急性化脓性感染并形成脓肿，称之为肛管直肠周围脓肿，又叫肛周脓肿。肛周脓肿是一个感染性疾病，起先会在肛周感觉到有硬结，继而发展出现疼痛、红、肿，会出现坐卧不宁、排便困难、里急后重乃至出现全身性因素，比如发热、寒战、乏力这些症状。
脓腔与肛瘘相通的脓肿可在切开脓肿后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘管，适当切除皮肤和皮下组织，内口周围组织也稍加切除，使引流通畅。如内口较深，瘘管通过肛管括约肌，可采用挂线疗法。以上手术优点是脓肿一期可以达到良好的效果，不再形成肛瘘。但在急性炎症中，找内口有困难时，不应盲目寻找，以免炎症蔓延或形成假道，仅做切开排脓，待形成肛瘘后，再做肛瘘手术。二期手术优点是效果准确。
儿童出现肛周脓肿的时候，要及时的治疗，可以采用局部用药治疗的方法进行治疗，轻柔按摩包块，慢慢促进药物吸收。要注意让孩子多吃些新鲜蔬菜水果，可以有助于提高抗病能力。
