一旦发现囊肿积极治疗，除非病变很小，周围组织变形也很小，可进行随访观察，一旦囊肿随时间的推移而增大，则采取手术治疗。对于手术以往采用的方法为囊肿，腹腔分流术或开颅囊肿剥离切除术，虽然有一定治疗效果，但体内留有分流管或开颅创伤使病儿和家长产生一定的心理负担和恐惧。
颅内囊肿一般是良性病变，生长缓慢，如果没有明显头痛头晕等不适的症状，应该注意养成良好的生活习惯，注意营养均衡，规律作息，避免熬夜和精神紧张，适当运动锻炼，增强体质，定期复查，如果出现头痛头晕等不适的症状，或是囊肿增大，需要手术切除。
通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
脑左侧囊肿需要在医生指导下手术治疗。如果说治疗效果不明显，就要及时通过采用坐浴的方式来进行治疗。或者说是用全身化疗或放疗的方式进行治疗。养成良好的饮食习惯，不要吃油腻刺激辛辣的食物，补充维生素来增强自身的免疫力。
一般情况下，宝宝鼻囊肿引起鼻塞是常见症状。先药物保守治疗，严重可再手术治疗。具体分析如下：
通常来讲，如果鼻塞没有出现明显的呼吸困难，外部没有异常，也没有流泪，眼痛，眼球移位等侵及眼部的症状。可以先用药物保守治疗，比如可以用应用减轻鼻粘膜充血水肿药物，对鼻粘膜有收敛作用的药物，局部抗炎药物。具体的药物有布地奈德鼻喷雾剂、香菊片、鼻窦炎口服液等。若鼻塞导致呼吸困难、破溃感染等症状，严重时可进行手术治疗。需注意的是，所有药物要在医生指导下服用。
