巧克力囊肿是否影响怀孕要根据病情的严重程度。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的常见类型。患巧克力囊肿可能会影响怀孕。患巧克力囊肿会影响到卵巢功能，影响排卵。盆腔以内粘连也常伴随巧克力囊肿往往发生，导致输卵管功能障碍。
若巧克力囊肿较小，痛经不明显，可尝试怀孕，能够正常怀孕的情况下暂时不用治疗巧克力囊肿。若产期不能怀孕且排除了其他导致不孕不育的因素，则不孕可能是巧克力囊肿引起的，建议及时就医，通过药物治疗或手术治疗巧克力囊肿。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
巧克力囊肿特点是痛经，月经不调，性生活出现痛疼，不孕等。痛经为巧克力囊肿的主要症状，同时也是最容易被忽略的症状表现，月经过多，月经血量多，也是巧克力囊肿的常见症，性生活痛是一个明显的信号，还可能会出现滴状的出血，而且常于月经前较为明显。
根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，对怀孕影响很大，容易造成不孕。
囊肿堵住卵巢，使得卵巢生卵能力减弱，卵子质量会受到很大影响。另外，如果囊肿堵住输卵管，即便能生出卵子，卵子也无法进入子宫，这同样会造成不孕，卵巢囊肿不但易导致不孕，若长期拖延不治，可能会导致恶性病变。目前，对于良性成熟性畸胎瘤、单纯囊肿、上皮性囊肿以及卵巢冠囊肿等良性妇科肿瘤，腹腔镜手术已经成为首选的手术模式。
