巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，对怀孕影响很大，容易造成不孕。
囊肿堵住卵巢，使得卵巢生卵能力减弱，卵子质量会受到很大影响。另外，如果囊肿堵住输卵管，即便能生出卵子，卵子也无法进入子宫，这同样会造成不孕，卵巢囊肿不但易导致不孕，若长期拖延不治，可能会导致恶性病变。目前，对于良性成熟性畸胎瘤、单纯囊肿、上皮性囊肿以及卵巢冠囊肿等良性妇科肿瘤，腹腔镜手术已经成为首选的手术模式。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
卵巢巧克力囊肿患者也可以怀孕，但与正常女性相比不孕率较高。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症患者不孕率高达40%。不孕的原因很复杂。
例如盆腔微环境变化、精子卵结合和转运影响、免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加、子宫内膜正常代谢和生理功能破坏、卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。
子宫内膜异位症的治疗，以缩小和清除病灶、减轻和控制疼痛、治疗和促进生育、预防和减少复发为根本目的。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病理表现形式，即子宫内膜正常应该在宫腔内，但是有一部分内膜异位到卵巢，所以巧克力囊肿里面都是血液，子宫内膜异位不容易怀孕，囊肿小可以行中医治疗，囊肿大建议行西医治疗。
卵巢囊肿穿刺检查治疗本身对于妊娠是没有什么影响的，但卵巢本身可能会引起出现排卵异常和导致不孕的情况。卵巢囊肿的治疗原则在意一旦发现要及时给予手术治疗。仅仅是比较小的卵巢囊肿对于妊娠是没有什么影响的，穿刺后是不会影响怀孕的，所以在穿刺后是可以生小孩的。