肾囊肿会影响肾功得能。肾囊肿直径在4cm以下的单纯性肾囊肿不会对肾脏功能造成影响。如果囊肿比较大直径超过4cm，压迫肾脏，则会对肾功能造成一定影响，但是影响也并不大。是如果是肾盂旁的肾囊肿压迫肾盂造成肾积水，或者是囊肿伴有感染后就会对肾脏功能造成明显的影响。需要在控制感染前提下进行手术治疗，解除对肾盂的压迫，缓解肾积水的问题。
肾囊肿五公分可以手术，因为肾囊肿没有其他的治疗方法，想治愈只能是手术治疗。肾囊肿一般超过四公分就可以手术治疗。如果有腰部的酸胀，或者有活动后的不适症状可以手术。但是如果患者已经年龄超过70岁，囊肿直径五公分，完全可以不手术，不需要治疗。
肾囊肿如果比较大，还是有一定危险性的，囊肿囊壁较薄，较大的囊肿随时都可能在外力撞击时，造成囊肿破裂等，引起出血，因此有一定的危险性，而且囊肿较大时，会影响正常肾功能，引起肾衰竭。
孕妇出现肾囊肿是不太严重的一种病症。但是建议密切观察。
肾囊肿，顾名思义，就是肾实质的一种囊性病变，通常为良性病变，若肾囊肿的体积很小，只要经常复查。若患者出现血尿、蛋白尿等肾功能损害时，就应该到医院就诊。孕妇若出现肾囊肿，无明显症状，可暂时不需要办理，甚至更大，亦可于投产后处理。建议定期进行产前检查，明确胎儿和孕妇的身体状态。
肾囊肿容易导致肾功能异常，或是破裂出血等并发症的，如果肾囊肿是良性的病变，如果较小，是无需治疗的，定期复查就可以了，如果较大超过5cm，是需要考虑手术的。