先天性心脏病要加强锻炼，提高身体抵抗力，又要适当休息，避免过度劳累。同时，应要鼓励他，减少悲观和恐惧。给予高蛋白、高热量、富含维生素的饮食，以增强身体健康。吃东西以避免过饱。
先天性癫痫可以通过手术治疗。平时饮食要清淡，忌烟酒、浓茶，不要暴饮暴食，不要食用辛辣刺激的食品及含大量咖啡因的食物。不要驾驶车辆及从事高空作业，不要在河边及井边工作和不看宜兴奋刺激的影视节目和电子游戏。
通常情况下，先天性的小脑畸形可以通过手术来治疗。
小脑扁桃体下疝畸形是先天性的，只有手术才能治疗。没有明显的临床表现或只有轻度头痛的病人，通常不需要进行任何的治疗。如果出现了明显的共济失调，比如走路不稳，或者是由于压迫、粘连所致的脑干、颅内神经损伤，就需要进行外科手术。手术方式以头后窝和颈髓减压为主，多数病人在术后症状有明显好转。
先天性内翻通常需要手术治疗和矫正，如果在年龄段，先天性内翻通常伴有肌肉萎缩，此时治疗效果不是很好。治疗效果越早，治疗效果越好。对两岁以内的家庭来说，治疗效果是好的，因为那时骨骼和肌肉没有萎缩，功能恢复也不好。
通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
道闭锁是胎儿发育时，食道及气管分裂异常所造成的先天性缺陷。此缺陷可分为六种不同的形态，但以食道上端为盲端，下端与气管形成瘘管为最常见。这种主要与染色体、精子质量或药物环境原因有关。如果确定是考虑终止妊娠，也可以在宝宝分娩后手术治疗，但成本比较高，而且对宝宝伤害也比较大。
