一般情况下，肛周脓肿患者初期，可出现肛门不舒服、胀痛或疼痛等症状，特别是排便后，患者还可出现烦躁、还不规则低热等症状，这是因为肛周脓肿多由肛腺反复感染引起，常见于免疫力低下或患有糖尿病的人。正常情况下，肛周脓肿都比较容易治愈，但如果治疗不彻底的话就可能出现复发问题。因此，建议肛周脓肿的患者应及时就诊，在医生指导下进行治疗。以免影响身体健康。
任由肛瘘发展，会对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛瘘的多发会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
容易发生在肛门周围的皮下部位，患儿的肛周会产生持续性的剧痛，伴有受压以及咳嗽时会明显加重，影响到了宝宝的肛门健康，且会诱发坐卧不安的情况，一般症状下全身感染并不严重，进行局部检查时，患儿的肛旁皮肤还会伴有明显的红肿出现，伴有硬结以及触痛的症状出现。
在创面上有内口、瘘管，创口经久不愈，成为肛瘘的外瘘口。自外口反复流出少量脓性分泌物和粪水污染内裤，分泌物时多时少，分泌物对皮肤的刺激，可引起局部皮肤瘙痒，严重者皮肤发生湿疹样改变。
主要是疼痛，最初的疼痛，化脓时跳痛，排便时疼痛加重，脓肿，在肛门前方可发生尿潴留，脓肿肛门后方出现在尾部疼痛，全身中毒症状轻，局部肿胀，红肿，压痛，有波运动。局部见肛门一侧，发红，肿胀，压痛，燃烧，痛苦的疼痛，活动和排便时疼痛加重，有排尿困难。
在创面上有内口、瘘管，创口经久不愈，成为肛瘘的外瘘口。自外口反复流出少量脓性分泌物和粪水污染内裤，分泌物时多时少，分泌物对皮肤的刺激，可引起局部皮肤瘙痒，严重者皮肤发生湿疹样改变。