早期的巧克力囊肿一般采取保守的治疗，但是手术治疗能够达到治疗的目的，先试着保守治疗，看看病情能否控制，非常注意个人卫生，月经期间防止经血逆流，慎服避孕药。建议中药调理一段时间，注意均衡营养，观察排卵情况再要孩子。
中医治疗卵巢巧克力囊肿是遵循治病求本的原则，以疏肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒为治疗思路。由于气血是肌体的物质基础，而脏腑为气血生化之源，分管气血的生成、统摄和运行。
巧克力囊肿及早做手术，不可能自行消失的，采用腹腔镜下卵巢囊肿剥离术，是治疗卵巢囊肿比较先进的技术，不用开腹，不用切除卵巢，能够彻底剥离和取出囊壁，创伤小，出血少，术后粘连少，可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。只要是正规的三甲医院就可以。
巧克力囊肿破裂后应立即就医，通过手术进行治疗。
巧克力囊肿破裂是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，即巧克力囊肿。通常巧克力囊肿破裂后，应立即就医，通过根治性手术进行治疗，并辅以药物治疗。
轻度巧克力囊肿可以用中药治疗，中药治疗疾病是目前临床上较为常用的一类方法，因其副作用较小而受到广大朋友一致的看好。西药治疗，药物的治疗方法除了可以采用中药以外，西药自然是除此之外又一方便且常见的方法了，对于早期发现且没有产生实质性病变，早期科学对症用药一般能够取得不错疗效。手术治疗。除了药物治疗，手术基本上是治疗本病的又一个有效方法。术后注意清洁卫生。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。