巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位子宫内膜发生脱落出血，在卵巢形成类似巧克力样的包块。发现恶性卵巢肿瘤者，应先予手术，术后予以中西药综合治疗。注意休息，良好的睡眠，避免过度劳累，清淡营养饮食，戒烟，戒酒。
卵巢巧克力囊肿危害还是非常大的：1、导致水肿，影响生活：卵巢囊肿者除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。2、引发流产、难产：早孕时引起流产，中期妊娠时易导致卵巢蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者会造成胎位异常，引起难产。
术后注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，手术后注意增加蛋白质的摄入量。蛋白质可以帮助伤口快速好，可以增加体力。选择鱼类，鱼肉比较容易消化和吸收。注意休息，禁食辛辣生冷刺激东西，适当活动，增强身体抵抗力。
巧克力囊肿一般是不会影响输卵管不通的，两者之间没有直接关系，排卵如果正常就说明输卵管没有堵上，如果还不放心，可以在月经干净以后去医院检查输卵管的通畅情况是否正常。
内分泌影响：内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果患者长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。
巧克力囊肿早期可能会没有明显症状，如果囊肿进一步增大，可能会有痛经，腹痛症状。巧克力囊肿一旦确诊，建议手术治疗，如果直径较大，症状明显，可以先药物治疗缩小病灶，然后再在腹腔镜下手术治疗。