巧克力囊肿形成原因主要是子宫内膜异位症，内膜移位到卵巢而形成的巧克力囊肿，子宫内膜在子宫腔内受卵巢分泌功能影响，而呈增生分泌脱落，形成月经。子宫内膜移位到卵巢内，卵巢内的内膜受卵巢分泌功能影响，也会呈增生分泌脱落，但在卵巢位置的内膜脱落不出来在卵巢内，时间长了形成巧克力样的囊肿，所以形成了巧克力囊肿。是由于子宫内膜移位到卵巢所致。
巧克力囊肿的症状出现之后，会让身体出现腹痛，阴道出血等情况，也会对月经产生不良的影响，导致月经出血量大，或者是月经不调的情况。巧克力囊肿的情况应该要及时的采用手术切除的方法进行治疗，可以有效的避免囊肿出现恶化的情况。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
巧克力囊肿术后半个月能冲凉碰水，术后需要保持伤口清洁，干燥等伤口完全愈合后，方可淋浴，每天一定要注意伤口有无红，肿，热，痛的现象，以防感染发炎的发生，要及时注意并且发现。
巧克力囊肿是可以通过妇科检查的方式来判断巧克力囊肿的主要发病部位，对于子宫内膜异位症的病人来讲，是很容易产生触痛感的，巧克力囊肿的直径会小于十厘米左右。可以通过腹腔镜检查。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。