肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
前期可以用药物治疗，但是只能缓解病情的疼痛，治标不治本。长久靠药物维持会使得体内的药物毒素堆积越来越多，导致肛瘘的反复发作，病情越来越严重。还有可能导致其他肛肠疾病的发生，病人要保持大便通畅，防止腹泻和便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激每天用温盐水坐浴1到2次，勤换内裤，适当使用药膏等局部涂抹，或中药内服外用。