肾囊肿要注意饮食调理，有些药物是不能吃的。不能吃发酵性食品：主要是菌变发酵的食品，像豆腐乳、臭鸡蛋类。避免食用此类将对囊肿生长速度有利。不能吃动物内脏类食品：特别是动物的肝脏，很多动物在宰杀后代谢的毒素遗留在内脏中，如果病人吃了无疑会加重肾脏负担。
肾囊肿可以采用中药进行治疗，只要平时在饮食注意，不要吃辛辣刺激、被污染的、烧烤类的以及腌制的食物即可，如果情节严重只能进行手术治疗，肾囊肿也没有什么食物能够消除，只需注意平时饮食清淡、吃一些容易消化的食物，作息时间规律。
肾囊肿早期一般无症状，但囊肿会不断增大而出现腰，腹部不适或疼痛；后期会因本身囊内液压力增高而破裂出现血尿，或腹部可触及肿块等情况.一般采用穿刺硬化方法治疗，但也容易复发.。此病药物效果不佳，建议不要用药物治疗。
有可能是肾部位局部组织细胞异常增生反应引起的肾囊肿，需要依照具体的症状使用软坚散结的药物进行治疗，从而控制肾部位的囊肿，如果症状进一步加重，肾囊肿进一步增大，是需要及时进行手术切除囊肿的。平时需要注意观察具体的反应调节。
目前西药还没有治疗肾囊肿的特效方法。对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大，如果增大到一定程度可以在医院进行囊液抽吸术，并在囊内注射硬化剂治疗。