新生儿的甲状腺激素含量偏低，而促甲状腺激素含量偏高。甲状腺素是一种内分泌激素，是一种重要的内分泌激素，如果甲状腺素不足，会造成神经系统发育不良，从而导致痴呆。
我国现行的法律要求所有新生儿在出生时都要做甲状腺功能检查，以确定其是否患有先天性甲低，以便及早采取措施，减少儿童痴呆的发生。治疗甲亢的治疗主要有药物、手术和碘放射治疗。
治疗主要是补充甲状腺激素，即左甲状腺素钠片，可以通过系统的治疗2-3年之后，可以考虑停药1个月，再来检测甲状腺功能，假如甲状腺功能正常，也可能是暂时性的先天性甲状腺功能减退，也可以停药可以定期监测。
婴儿出现甲状腺功能低下的情况一般是由先天性甲状腺功能不全所引起的。
与此同时，如果女性在怀孕期间患有严重甲状腺激素不足的病症的话，也是会诱发所诞下的婴儿甲状腺功能低下症状的，当然也可能是由家族遗传性甲状腺功能低下引起。但是无论是哪个原因引起的，都需要立即对新生婴儿进行诊治。否则，将来甲状腺功能低下会影响婴儿的智力发育，也会影响婴儿骨骼的发育。
甲状腺功能低下可以使用药物性甲减治疗，常见甲减的原因是桥本甲状腺炎，碘131治疗或手术后出现的并发症，需要根据甲功结果给予药物治疗，每3-4周复查一次甲功，直至甲功恢复到正常，三个月到半年复查一次甲功。而对于继发性甲减，需要找到病因。
新生儿在分娩后48小时以上就需要行新生儿疾病筛查，主要包括甲状腺功能减退症，苯丙酮尿症等。如果检查确诊是甲状腺功能低下，需要结合药物治疗，具体用药遵医嘱。如为永久性甲状腺功能减低症予终身治疗。
新生儿甲状腺功能低下的原因很多，有可能是孕妇患有甲亢，在孕期服用了过量的抗甲状腺药物，引起新生儿甲状腺功能低下；也有可能是胎儿先天性甲状腺不发育或发育不全；或者异位甲状腺。