主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术。结合自身来制定治疗方案。
可能会出现痛经的症状，性交疼痛，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调，在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
巧克力囊肿的症状有痛经，可以在经前、经期、或经后出现，二是月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵。分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，不孕不育和腹痛。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。