扁平疣治疗上可以用物理疗法或药物疗法、中医中药疗法等。物理治疗主要选用液氮冷冻和激光治疗、疣组织包埋疗法。中医中药疗法有耳后放血法、火针法、穴位注射法等。药物治疗可以服用增强免疫的药物，因为扁平疣多发生于免疫力低下人群，免疫力增强后，有自身清除病毒的可能，扁平疣是有自愈性的。
扁平疣是一种人乳头状瘤细菌。因此，如果患有扁平疣，要吃一些能清热解毒的食物。不要吃辛辣刺激的食物。对于已经形成的扁平疣，可以通过激光手术治疗。治疗后，必须注意皮肤护理。不要碰水。不要刺激皮肤，一般1-2周后会缓解。也要保证充足的睡眠，不熬夜，适当运动，提高身体免疫力。避免过度劳累。
治疗方法有以下两种，药物治疗：西医治疗扁平疣一般多会以药物为主，药物治疗扁平疣多从抗病毒、增强免疫功能方面下手。激光治疗：是目前治疗扁平疣比较常见的一种方法，激光治疗扁平疣在临床有较大优势，激光治疗的方法可以作用到疣体基底，被黑素颗粒吸收，使之凝固破裂和气化。
去除扁平疣最快的方法是激光治疗，也可以通过冷冻的方法来进行改善。激光是通过一种热量最容易扁平疣部位的，能够阻断扁平疣与神经之间的传导功能，也能使扁平疣尽快的萎缩，从而达到去除的效果。冷冻也可以使扁平疣尽快的萎缩和脱落，达到去除的效果，而且对皮肤的损伤性比较小，安全性也比较高。在做完治疗之后还需要配合一些抗病毒类的药物，抑制体内的病毒感染，才能避免病情反复发作。
扁平疣一般通过药物治疗、物理治疗等方式去除最好。
扁平疣是由人乳头状瘤病毒感染所致的一种良性皮肤赘生物。多见于颜面、颈部、前臂及手背等处。患者可以遵医嘱外用维A霜、咪喹莫特等药物改善症状，还可以通过液氮冷冻治疗、二氧化碳激光等方式进行物理治疗。
日常避免饮酒，外出要做好防晒工作。
眼角长扁平疣去除的方法可以到医美机构通过激光治疗，或者是外用维a酸类的乳膏来进行涂抹。如果眼睛扁平疣的数量并不是特别多，利用激光的原理能用来分解局部的色素组织，可以改善皮肤的新陈代谢，达到比较好的去除扁平疣的效果，如果扁平疣的面积比较多，主要是通过维a酸类的药膏来进行涂抹。在涂抹药物的过程当中，千万要避免药物渗入到眼睛的里面，很可能会对眼睛的视力造成影响。