巧克力囊肿吃中药不能完全治好。通过吃中药可以缓解病人的痛经的症状，可以在一定程度上控制巧克力囊肿的增长速度。如果吃中药想治好巧克力囊肿，不太可能。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢而形成的，要选择手术治疗。
巧克力囊肿可以吃核桃，饮食宜清淡，并注重营养均衡，少吃过热性的食物，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性、海产品等。应该常吃牛奶、菠菜、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。核桃火气大，含油脂多，吃多了会令人上火和恶心。
巧克力囊肿病人能吃羊肉，但是一定要注意食用量，不能暴饮暴食，养成少吃多餐的习惯比较好。另外巧克力囊肿病人还应该忌辛辣刺激和油腻油炸的食物，要多吃清淡的食物还有多吃瓜果蔬菜。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
还是比较严重的，巧克力囊肿为子宫内膜异位症的一种表现形式，药物治疗效果较差，可考虑腹腔镜切除，因为是子宫内膜异位症的一种，就是在来月经的时候会有进行性加重的腹痛。
巧克力囊肿是可以怀孕的，但是有巧克力囊肿一般怀不上。要是有巧克力囊肿单侧，可以通过正常的那侧去备孕要孩子。如果巧克力囊肿双侧都有，是怀不上孩子的。因为有巧克力囊肿存在，影响排卵导致不排卵，所以巧克力囊肿影响生育。有巧克力囊肿，必须手术把囊肿拿掉以后卵巢恢复功能正常。