卵巢巧克力囊肿并不是都需要进行手术，到医院进行检查，通过医生的检查之后才能够给出正确的治疗方法，若囊肿直径小于5cm，没有明确症状可以不治疗，可以2-3个月进行一次复查。若随访中发现囊肿增长较快，手术剔除囊肿并做病理检查。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，其早期症状主要为痛经，性交疼痛，不孕症。巧克力囊肿是“肿块”但并非“肿瘤”，它是子宫内膜异位症的一种病变.建议经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
黄体现裂最易发生在每次月经周期的后一周内。黄体内有少量出血，但如果出血太多，就可能增加黄体内的压力，从而发生自发性破裂。由于囊肿内含陈旧性的深褐色的经血，看起来很像巧克力酱，故又叫做巧克力囊肿。这种巧克力囊肿的壁，质地松脆，在月经周期后半和行经期，由于局部充血和出血，囊内压力升高，可以造成囊壁破裂囊肿内所含之陈旧经血，通过破口，流入腹腔，刺激腹膜，引起急性腹痛。
尽快手术治疗。手术治疗之后可以考虑应用一些预防短期内复发可能有一定的帮助作用的药物，来预防短期内复发可能有一定的帮助作用。但是对于反复发生的巧克力囊肿的病人，目前医学没有太好的办法，如果有生育要求，也可以考虑行巧克力囊肿的穿刺手术。
