囊肿体积比较大，并且边界不清楚，那么就应当剖腹探查取出囊肿，送病理检查明确囊肿性质以后，再决定下一步是否后续治疗。目前没有很好的药物能减少囊肿的发生。如果囊肿不是囊性的，而是实性或囊实性，尽早做手术。因为实性或囊实性的肿物，考虑肿瘤的可能性最大。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
如果囊肿比卵巢长，应在怀孕前治疗，以便怀孕生子。们可以先用药物来治疗。如果效果不明显，或反复疼痛，有必要选择手术治疗方法，传统手术或微创手术治疗这种疾病。有复发倾向，选择正规高新技术专科医院可以签约治疗，在医生的指导下对症的治疗。
巧克力囊肿术后双侧附件包块说明是没有囊肿等问题，双侧附件是正常的。检查没有异常，代表卵巢没有器质性疾病，不需要治疗。平时要注意保持营养均衡，多吃豆制品有利于卵巢功能，另外也要多锻炼身体。
一般患有附件巧克力卵巢囊肿的都会出现月经量增多、月经周期延长等症状，情况严重的甚至会导致贫血、脸色苍白等一系列不适。附件巧克力囊肿与内分泌失衡有关，而内分泌不调也会在极大程度上影响女性正常的卵巢功能，因此临床上上绝大多数附件巧克力囊肿都会伴随有不孕症的出现。
附件巧克力囊肿症状有：痛经、性生活痛、月经不调、腹膜炎和不孕，建议腹腔镜手术剥除囊肿，分离盆腔粘连，预防巧囊复发，建议尽快完成生育计划，以免出现避孕症，建议当地医院妇科就诊检查。