单纯性肾囊肿多无症状，对肾功能和周围组织影响不大，因此不需治疗。如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需要行囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。
肾囊肿是泌尿外科常见病，多发病。囊肿属于良性病变，是由于肾脏的集合小管堵塞引起的。囊肿一般形成以后是不能自愈的，通常囊肿会越来越大。较大的肾囊肿通常会引起临床症状，表现为腰部酸胀疼痛，主要是由于囊肿压迫肾包膜引起的，另外肾囊肿很容易压迫肾脏造成肾实质萎缩，影响肾功能。所以说巨大的肾囊肿要积极地积极地进行治疗，可以通过手术切除囊壁，抽吸囊液。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
艾灸是不能治疗肾囊肿的，药物也不能治疗肾囊肿，肾囊肿的发病的原因是扩张的肾小管，这段扩张的肾小管，逐步独立，就形成一个囊肿，肾小管的壁有分泌功能，分泌液多就会囊肿增大，分泌液少囊肿增大的不明显。
肾囊肿没有明显的特效药。发现肾囊肿要看囊肿的大小，对于小囊肿没有症状时不需要做任何治疗，定期复查看，特别是小于4厘米以上的，观察囊肿是否继续增大，无症状者要经常做尿液的检查和泌尿系统超声检查。对于大于5公分肾囊肿，采取手术治疗。