肛瘘不能自好，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时要避免肛瘘的复发。
蒜头是不可以治疗肛瘘的，对肛瘘的病人来说，是不会有什么有利的作用的，只会加重病人的病情的，会导致病人出现大便干燥的症状的，病人是不可以吃一些辛辣的东西的，其中也包括大蒜，还有一些调味品。
病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。
可能是痔疮引起的，痔疮是人体直肠末端粘膜下和肛管皮肤下静脉丛发生扩张和屈曲所形成的柔软静脉团医学所指痔疮包括内痔、外痔、混合痔常见症状大便出血无痛性、间歇性便后有鲜红色血直肠坠痛肛门内部出现肿物脱出肛门及肛周肌肤出现瘙痒症状，应到医院进行治疗，不手术可用胶圈套扎法，使其制血、坏死、脱落，达到治疗目的。
肛门感染：肛瘘是会出现感染和发炎，在出现肛门疼痛和肛门感染，流出的脓水不仅是会污染内衣的，同时脓液也是会刺激肛门的皮肤，这是肛门就会出现剧烈的瘙痒，长此以往是会导致身体出现消瘦，精神不振和抵抗力降低。
