高位肛瘘有如下的治疗方法，手术以及饮食治疗。如果采取手术的治疗方法，在必要的时候还可以查看MRI，以便可以及时作出较为精确的确诊，从而可以防止手术的盲目性。病患如果采取饮食的治疗方法，多吃干果，少吃含有高蛋白、高胆固醇的食物。
高位肛瘘与低位肛瘘的区别在于，高位肛瘘是指瘘管已经到达坐骨直肠间隙、或者骨盆直肠间隙，低位肛瘘指瘘管的位置较浅，多在括约肌间隙、皮下脂肪间隙、或者是肛门后间隙。
高位肛瘘的主要症状是肛门间歇性或持续性流脓、肿痛、瘙痒等。高位肛瘘反复发作，长期流脓血，可出现形体消瘦、精神萎靡等症状。外口破溃脓水流出后，症状可迅速减轻或消失。
忌食腥、辣刺激性食物。平素要多吃含纤维多的食物，如红薯、芹菜、茄子、香蕉、玉米等。用饮食调整的方法防止便秘，保持大便通畅，将有利于疾病的康复。避免久坐湿地，以免肛门部受凉受湿，引起感染。保持肛门清洁，勤换内裤，便后清洁肛门，对预防感染有积极作用。还有一点应该注意的是，一些药物和一些饮食是不能同时吃的。
高位肛瘘是指瘘管及其支管在肛提肌和肛管直肠环上方。手术是治好高位肛瘘的根本方法。如果手术中过度损伤肛直环会导致不可逆的肛门损伤，所以手术要充分保护肛门的核心结构“肛直环”。
