一般均需手术刮除。手术时用睑板腺囊肿夹子夹住翻转的眼睑，使囊肿位于夹子的环圈内，用尖刀切开囊肿，切口与睑缘垂直，用小锐匙将囊肿内容刮除干净，剪除分离后的嚢壁以防复发。如果囊肿已自行穿破，有肉芽组织突出时，除将肉芽组织剪除外，还应将囊肿内容物与嚢壁一起清除干净。
在眼睛囊肿的情况下，可以通过热敷来缓解。如果逐渐变得越来越大，可以通过手术直接移除，手术去当地正规的大医院，因为每个地区的医疗技术都有一定的差异。在平时生活中也要做热敷，同时多吃降火的食物，比如蜂蜜，海带汤，绿豆汤等。
较小的囊肿不适症状暂时不用治疗，较大的囊肿需要尽早手术，平时注意不要刺激囊肿部位，以免引起感染。囊肿是局部组织出现囊样变化，是与炎症，先天性发育，外伤，自身体质等多因素有关系，囊肿可以长在身体各个部位。
囊肿不能挤压的，很容易刺激囊肿增长，或者是疼痛，囊肿是良性肿瘤，可能会出现在皮肤表面，身体如果有囊肿出现，平时不能吃含激素多的食物，注意观察是否有持续增长，有明显症状，需要手术切除治疗。
囊肿最常见为肝囊肿、肾囊肿、皮脂腺囊肿或腱鞘囊肿。肝囊肿是肝脏比较常见的良性疾病，囊肿大多数为良性疾病。如果胰腺上有小囊肿就需要注意，其是否有恶性的可能性。
小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。