肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘症的治疗：1.外治：用消肿止痛洗剂坐浴，外涂药膏。2.使用抗生素：急性发作期可以使用抗生素，但一般不要超过一周。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
肛瘘多是由于肛周脓肿破溃之后形成的，所以肛瘘的治疗时间是在肛周脓肿破溃之后。内口以及瘘管相对比较清晰，而且瘘管相对不多，容易处理干净，避免肛瘘术后复发。多属于低位的单纯性肛瘘，只要清除干净内口以及瘘管，手术就可以成功。肛瘘在临床上治疗，越是复杂性肛瘘或者高位性肛瘘，其术后复发率相对就越高。肛瘘持续时间越长，瘘管就越多，对肛周的组织损害越大，不利于术后的恢复。
肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。排便不畅，排脓，硬结或瘢痕，全身症状：反复炎症感染，会导致消瘦、贫血、便秘、排便困难等全身症状。肛瘘不能自愈。不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿．因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。
得了肛瘘以后，首选的就是手术，唯一的方法也是手术，其他的方法都只是缓解症状，而治疗肛瘘的手术又分很多种，好比肛瘘切开术、肛瘘的剔除术、瘘管剔除术，还有什么补片的填充，免疫制剂的填充等，各种方法很多。