目前我国儿童肾小球肾炎发病率较低，治疗主要根据致病原因、疾病类型、病情严重程度。
目前治疗肾炎的药主要有：免疫抑制剂、抗感染药、利尿剂、降压药、降脂药、抗凝药、血小板聚集药、保肾排毒药等，医生根据患者的具体情况及化验指标变化调整药物种类和剂量。急性期患者要卧床休息，症状明显的患者卧床4-6周，血压平稳、水肿消退、肉眼血尿消失、尿常规及其他检查正常后可逐步活动。
艾灸治疗慢性肾炎可取穴，脾俞穴、肾俞穴、膀胱俞穴、三阴交穴、足三里穴、气海穴、太溪穴。艾灸可能具有清热解毒的作用，但是对于肾小球肾炎没有治疗价值。肾小球肾炎如果与免疫功能紊乱有关，往往需要使用糖皮质激素或者激素联合免疫抑制剂，以抑制肾小球内的异常免疫反应，保护肾脏组织，减少尿蛋白。
肾小球肾炎分为急性肾炎、慢性肾炎和急进性肾小球肾炎。急性肾炎多与上呼吸道感染密切相关，感染控制后，注意卧床休息、加强营养及维生素的摄入，可完全治疗。慢性肾小球肾炎无法治疗的，且缓慢进展，需长期服用药物进行治疗，延缓肾脏损害的发生。急进性肾小球肾炎多与免疫性疾病密切相关，需应用糖皮质激素及免疫抑制剂强化治疗，甚至需肾脏替代治疗，部分可治疗，部分转化为慢性肾小球肾炎。
肾小球肾炎若化验尿结果中，出现血尿、蛋白尿，可初步考虑肾小球肾炎。此外，需排除一系列其他现象，如出现血尿、蛋白尿，可因泌尿系感染引起。若排除检验误差或其他原因，且同时合并血压升高、水肿，如眼睑水肿、下肢水肿，可基本确诊为肾小球肾炎。
轻度系膜增生肾小球肾炎能治疗，系膜增生性肾炎的治疗要针对免疫发病机制的治疗，常包括糖皮质激素及免疫抑制剂治疗。血液净化治疗如血浆置换、免疫吸附等有效清除体内自身抗体和抗原抗体复合物。