主要的治疗方案是手术，手术是在脓肿波动最明显处进行切开引流，将脓肿内的脓液放出，然后再换药使脓腔慢慢闭合。肛周脓肿的药物治疗，不能解除肛周脓肿的根本问题，即便缩小以后还可能多次复发。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
婴儿肛周脓肿的治疗方式如下：
小儿肛周脓肿的治疗要看病情的严重程度，进行针对性治疗。首先，可以用抗生素来控制感染，在家里用温水坐浴。如果形成脓肿，需要切开引流。开始会出现皮肤红肿硬结，然后会变软，会有波动感，还有一些孩子会出现高烧、呕吐等症状。肛周感染是由肛周软组织引起的急性化脓性感染导致的，这是一种很特殊的疾病，一般是由肛门部位的皮炎、疖肿、粗糙的尿布划破肛周组织，或者是感染引起的周围脓肿。
肛周脓肿去正规医院比较好。肛周脓肿是肛门周围软组织间隙的化脓性感染，处理不当容易形成肛瘘。对于肛周脓肿，早期可以采取温水坐浴，使用抗生素控制感染，如果已经有脓液形成，就应该尽早到正规医院切开引流处理。要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，注意休息，避免烟酒刺激，不要挤压肿块。
肛周脓肿首先需要应用抗生素治疗，平时经常清洗肛门处，注意个人卫生，有助于炎症消退。另外，肛周脓肿单纯保守治疗是无法完全治好的，以后还是会反复的发作等目前炎症改善消退以后，可以进行脓肿切开引流，然后按时换药消毒，这样脓肿腔逐渐长平以后，就可以治好。
平素要多吃含纤维多的食物，如红薯、芹菜、茄子、香蕉、玉米等。多吃新鲜的蔬菜和水果，多喝水，多吃一些通便的食物，不要吃海鲜，辛辣刺激的食物，也要忌烟忌酒，注意术后伤口愈合。