治疗肛瘘可以去肛肠科。肛肠科主要是研究肛管和直肠周围的疾病，肛瘘是肛肠科主要治疗的疾病之一。肛瘘发生在肛门周围，是由肛周脓肿破溃之后发展而来的。及时就行医治可以治好。
婴儿肛瘘多发生在新生儿或小婴儿，由于皮肤娇嫩，抵抗力低，特别是肛门周围的皮肤，经常受粪便的污染，肛门括约肌松弛，造成直肠、肛门粘膜外翻，更易受损。肛门局部感染或全身败血症经血液循环感染，形成肛旁脓肿。
可以吃木耳，肛管直肠瘘主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常被称为肛瘘，是指肛门周围的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。内口常位于直肠下部或肛管，多为一个；外口在肛周皮肤上，可为一个或多个，经久不愈或间歇性反复发作，是常见的直肠肛管疾病之一。
如果肛瘘不严重，可以先选择保守治疗，但是效果不佳病情反复发作，肛瘘在人体内和体外应有两个互相贯通的管道，体内向体外排出脓汁、分泌物等，情况较为严重的人，还是尽快手术治疗。
前期可以用药物治疗，但是只能缓解病情的疼痛，治标不治本。长久靠药物维持会使得体内的药物毒素堆积越来越多，导致肛瘘的反复发作，病情越来越严重。还有可能导致其他肛肠疾病的发生，病人要保持大便通畅，防止腹泻和便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激每天用温盐水坐浴1到2次，勤换内裤，适当使用药膏等局部涂抹，或中药内服外用。