自闭症是由生理因素形成，如神经机能发展、生化机能发展、遗传因素或脑部受损所致。自闭症严重会影响脾虚和肝气郁结的问题造成运化营养的能力下降，进而影响其他器官的平衡和大脑的发育。
退化型自闭症是由于后天环境引起的，大部分出现在12个月到24个月之间，一般通过医学生的治疗，行为心理治疗极特殊的教育，言语治疗，以及社会治理等积极的治疗，这种退化型的自闭症是可以缓解的。
导致儿童自闭症病因不是太明确，90%是因为遗传引起的，10%为环境因素。具体和母亲怀孕年龄，孩子的出生体重、胎儿发育情况、出生时阿氏评分以及生育次数等都有关系：比如早产、低出生体重，母亲年龄大于等于35岁，出生时有窒息缺氧病史等。其次是缺乏心理理论，这是一种能力：体察自己和他人的心理状态（需要、信念、愿望、意图、情绪、知识、感知），一般儿童4岁左右就具备了心理理论，自闭症儿童存在明显缺陷。
中医认为自闭症是先天不足，肾精亏虚。肾为先天之本，藏精生髓。脑居颅内，由髓汇集而成，若先天肾精不足，导致肾精亏虚不能化髓充脑，神明用之不足，元神不得滋养，而发为精神活动异常。
自闭症形成的原因首先是遗传因素。遗传因素在自闭症的发病中占有重要地位。然后是神经生物学因素，有研究发现，某些孤独症患儿存在脑结构异常或者脑神经生理异常。也可能是患儿母亲在妊娠期间可能存在一定的感染因素或者其他不利因素。迄今为止，儿童孤独症可以看作是多种生物学因素引起的广泛发育障碍所导致的异常行为综合征。
小孩天生自闭症是婴儿在发育过程中有神经方面障碍的原因引起的。例如神经内分泌异常或者是神经递质发育不正常，还有就是婴儿的免疫系统出现异常，导致自身没有抵抗力，身体中细胞数量减少。