肾囊肿一般没有什么临床症状，常常是在做彩超时发现肾脏有囊肿，但是如果肾脏囊肿比较大，或者本身继发感染或者本身破裂出血，就会有比较明显的症状。比如：会有腰疼，腰痛一般都是胀痛，一般都是因为囊肿挤压肾脏导致，再有会有血尿，如果肾盂旁的囊肿压迫了肾盂，就会出现镜下的血尿。
大部分病人的左肾囊肿往往没有特殊的症状。当肾囊肿增大以后病人可能会出现腰部不适甚至疼痛的情况，但是左肾囊肿引起的疼痛为隐隐的作痛或者钝痛，大部分情况下不会发生明显的剧烈疼痛。
肾囊肿是常见的一种肾脏结构异常，一般都是后天形成的，多来源于肾小管憩室，随着年龄的增长，肾小管憩室越来越多，就会发生肾囊肿，多以中老年人多见。大部分的肾囊肿不会超过2cm，没有任何的临床症状，多是体检发现的，也不需要治疗，每年定期复查就可以了。少数患者的囊肿会长大达到5-10cm，就会引起来肾脏压迫症状、腰痛、血尿等，需要行微创治疗。
肾囊肿的大多数患者无症状，少数患者可因囊肿出血或肾癌出现患侧腹痛、血尿或肾周血肿，严重的腹膜后出血很少见。可以表现为副癌综合征，如发热、红细胞增多和高钙血症，应高度警惕肾细胞癌。
有可能会出现腰、腹不适或疼痛，肾脏因多囊含水量大，变得沉重，下坠牵拉，也会引起腰部疼痛。症状有疼痛，为隐痛，钝痛，固定于一侧或两侧，向下部及腰背部放射，血尿，可表现为镜下血尿或肉眼血尿。腹部肿块，有时为病人就诊的主要原因，60%—80%可触及肿大的肾脏。肾脏愈大，肾功能愈差。