肛门疼痛的病因是很多的，还是及时到当地正规医院肛肠科做个肛门指检，肛镜等相关检查，明确后在医生的指导下进行有效的治疗。平时饮食上不能吃辣椒花椒，牛羊肉等刺激性的食物，同时不能抽烟喝酒。
精神因素：多由精神紧张引起，如肛门直肠的神经官能症、阴部神经的症候群、坐骨神经痛以及尾骨神经痛反射至肛门而引起肛门疼痛。异物及不良饮食刺激：如外伤、直肠内异物、辛辣食物及酗酒等均可刺激肛门，而引起疼痛。肛门直肠周围感染：即肛门直肠周围脓肿、肛窦炎、肛乳头炎等，这些疾病也可造成肛门疼痛。
肛门出现疼痛，首先要明确引起疼痛的原因，肛门口疼痛一般考虑是四类疾病，第一类疾病，内痔发生嵌顿或者是内痔发生血栓。第二类疾病，外痔。主要是血栓性外痔和炎性外痔。第三类疾病，肛裂。这三大类四小类疾病是引起肛门疼痛的主要原因。内痔嵌顿或者发生血栓，这种就要考虑手术治疗。炎性外痔，如果是血栓性外痔，也只能考虑手术切除，取出血栓。肛裂可以采用肛裂切除加内括约肌侧切术，这种方法就可以解决肛门疼痛的情况。
肛门疼痛，大便时加重，这考虑有可能是有肛裂的。可以用痔疮膏挤入肛门内进行治疗。同时忌口辛辣刺激性食物，可以吃的蔬菜水果有白菜、生菜、菠菜、豆角、西葫芦、黄瓜，便后注意及时的进行清洗预防感染，可以配合热坐浴进行治疗。
跑步后肛门疼痛。考虑它是由痔疮、肛裂、直肠炎等原因引起的。也可以在息肉、肿瘤和其他原因中看到。需要去肛门直肠科做进一步检查。依据检查结果和症状，需要在考虑对症治疗之前做出明确的诊断。平时，需要多吃蔬菜和水果，粗纤维食物来保持大便通畅，饮食均衡，避免辛辣、油腻和刺激性食物。